Daftar ini disusun berdasarkan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari lembaga-lembaga kredibel seperti Webometrics dan UniRank, yang mengukur kualitas kampus berdasarkan visibilitas, riset, dan popularitas online.
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Provinsi Papua (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Cenderawasih (Uncen) | https://uncen.ac.id/ | Webometrics (Terbaik di Regional) & UniRank (Peringkat 1 di Papua) |
| 2 | Universitas Sains dan Teknologi Jayapura (USTJ) | https://ustj.ac.id/ | UniRank (PTS Terbaik di Papua) & Webometrics |
| 3 | Universitas Yapis Papua (UNIYAP) | https://uniyap.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 4 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Fattahul Muluk Papua | https://iainfmpapua.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 5 | Politeknik Negeri Jayapura (PNJ) | https://polinema.ac.id/ | Webometrics (Unggulan Vokasi) |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Cenderawasih (Uncen) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) tertua dan terbesar di Tanah Papua, yang secara konsisten mendominasi peringkat di wilayah ini.
- Universitas Sains dan Teknologi Jayapura (USTJ) dan Universitas Yapis Papua (UNIYAP) bersaing sebagai Perguruan Tinggi Swasta (PTS) terpopuler di Papua.
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.