Daftar ini disusun berdasarkan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari lembaga-lembaga yang kredibel seperti Webometrics dan UniRank, yang mengukur kualitas PT berdasarkan visibilitas, riset, dan popularitas online di tingkat nasional maupun regional.
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Provinsi Maluku Utara (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Khairun (Unkhair) | https://unkhair.ac.id/ | Webometrics (Terbaik di Malut) & UniRank (Peringkat 1 di Malut) |
| 2 | Universitas Muhammadiyah Maluku Utara (UMMU) | https://ummu.ac.id/ | UniRank (PTS Terbaik di Malut) & Webometrics |
| 3 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ternate | https://iain-ternate.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 4 | Universitas Halmahera (Unihal) | https://unihal.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 5 | Universitas Nuku (Uniku) Ternate | https://uniku.ac.id/ | UniRank |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Khairun (Unkhair) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) terbesar dan terkemuka di Maluku Utara yang mendominasi peringkat.
- Universitas Muhammadiyah Maluku Utara (UMMU) diakui sebagai salah satu Perguruan Tinggi Swasta (PTS) terpopuler dan terbaik di Maluku Utara.
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.