Daftar ini disusun berdasarkan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari lembaga-lembaga yang kredibel seperti Webometrics dan UniRank, yang mengukur kualitas kampus berdasarkan visibilitas, riset, dan popularitas online di tingkat nasional maupun regional.
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Provinsi Kalimantan Timur (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Mulawarman (Unmul) | https://unmul.ac.id/ | Webometrics (Terbaik di Kaltim) & UniRank (Peringkat 1 di Kaltim) |
| 2 | Universitas Balikpapan (Uniba) | https://uniba.ac.id/ | UniRank (PTS Terbaik di Kaltim) & Webometrics |
| 3 | Institut Teknologi Kalimantan (ITK) | https://itk.ac.id/ | Webometrics (PTN Berbasis Teknologi) & UniRank |
| 4 | Universitas Widya Gama Mahakam Samarinda | https://uwgm.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 5 | Universitas 17 Agustus 1945 Samarinda (UNTAG) | https://untag-smd.ac.id/ | UniRank |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Mulawarman (Unmul) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) terbesar dan terkemuka di provinsi ini, yang mendominasi peringkat.
- Institut Teknologi Kalimantan (ITK) merupakan PTN yang berfokus pada ilmu teknik dan teknologi, dan telah menunjukkan peningkatan signifikan dalam pemeringkatan nasional.
- Universitas Balikpapan (Uniba) secara konsisten diakui sebagai salah satu Perguruan Tinggi Swasta (PTS) terpopuler dan terbaik di Kaltim.
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.