Provinsi Papua Selatan adalah provinsi hasil pemekaran yang berpusat di Merauke. Daftar ini disusun berdasarkan institusi pendidikan tinggi yang memiliki lokasi di wilayah ini, menggunakan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari UniRank dan informasi institusi terakreditasi di wilayah tersebut.
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Provinsi Papua Selatan (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Lokasi Utama | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Musamus (Unmus) | Merauke | https://unmus.ac.id/ | Webometrics (Terbaik di Regional) & UniRank (Peringkat 1 di Papua Selatan) |
| 2 | Universitas Terbuka (UT) UPBJJ Merauke | Merauke | https://merauke.ut.ac.id/ | UniRank & Webometrics (Diukur dari induk institusi) |
| 3 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Fatahul Muluk Merauke | Merauke | https://iainfmpapua.ac.id/ | UniRank & Webometrics (Diukur dari institusi induk) |
| 4 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Yapis Merauke | Merauke | http://stieyapis.ac.id/ | UniRank (Unggulan Swasta Lokal) & LLDikti |
| 5 | Politeknik Negeri Amamapare (PAT) PSDKU Merauke | Merauke | https://politeknikamamapare.ac.id/ | UniRank (Unggulan Vokasi) |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Musamus (Unmus) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) terbesar dan terkemuka di Merauke, dan secara konsisten mendominasi peringkat di wilayah Papua Selatan.
- UniRank di wilayah ini didasarkan pada popularitas online dan status akreditasi resmi LLDikti (Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi).
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.