Daftar ini disusun berdasarkan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari lembaga-lembaga kredibel seperti Webometrics dan UniRank, yang mengukur kualitas kampus berdasarkan visibilitas, riset, dan popularitas online di tingkat nasional maupun regional.
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Provinsi Maluku (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Pattimura (Unpatti) | https://unpatti.ac.id/ | Webometrics (Terbaik di Maluku) & UniRank (Peringkat 1 di Maluku) |
| 2 | Universitas Darussalam Ambon (Unidar) | https://unidar-ambon.ac.id/ | UniRank (PTS Terbaik di Maluku) & Webometrics |
| 3 | Universitas Kristen Indonesia Maluku (UKIM) | https://ukim.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 4 | Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ambon | https://iainambon.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 5 | Universitas Iqra Buru (Uniqbu) | https://uniqbu.ac.id/ | UniRank |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Pattimura (Unpatti) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) terbesar dan terkemuka di Maluku, yang secara konsisten mendominasi peringkat di provinsi ini.
- Universitas Darussalam Ambon (Unidar) secara rutin diakui sebagai salah satu Perguruan Tinggi Swasta (PTS) terpopuler dan terbaik di Maluku.
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.