DIY dikenal sebagai “Kota Pelajar” dan merupakan rumah bagi beberapa universitas terbaik dan paling bersejarah di Indonesia. Daftar ini disusun berdasarkan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari lembaga-lembaga kredibel (QS, THE WUR, Webometrics, dan UniRank).
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Daerah Istimewa Yogyakarta (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Gadjah Mada (UGM) | https://www.ugm.ac.id/ | QS WUR/THE WUR (Top 3 Nasional) & Webometrics (Terbaik di DIY) |
| 2 | Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) | https://www.uny.ac.id/ | Webometrics (PTN Unggulan Kependidikan) & UniRank |
| 3 | Universitas Islam Indonesia (UII) | https://uii.ac.id/ | UniRank (PTS Terbaik di DIY) & Webometrics |
| 4 | Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) | https://www.umy.ac.id/ | UniRank (Peringkat Tinggi PTS di DIY) & Webometrics |
| 5 | Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY) | https://www.uajy.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 6 | Universitas Sanata Dharma (USD) | https://www.usd.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 7 | Institut Sains & Teknologi Akprind (IST Akprind) | https://akprind.ac.id/ | UniRank (Unggulan bidang Teknik/Sains) |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Gadjah Mada (UGM) adalah salah satu universitas tertua dan terkemuka di Indonesia, dan secara konsisten menduduki peringkat sangat tinggi, baik secara nasional maupun internasional.
- Universitas Islam Indonesia (UII) dan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) merupakan Perguruan Tinggi Swasta (PTS) terkemuka di DIY dan Indonesia, sering bersaing ketat di peringkat 10 besar PTS nasional.
- Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) adalah PTN kependidikan yang juga memiliki fakultas non-kependidikan yang kuat, menempati posisi teratas di regional.
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.