Sebagai provinsi termuda di Indonesia, Kaltara masih memiliki jumlah perguruan tinggi yang relatif sedikit dibandingkan provinsi lain. Daftar ini disusun berdasarkan data pemeringkatan terbaru tahun 2024/2025 dari lembaga-lembaga yang kredibel seperti Webometrics dan UniRank.
Daftar Perguruan Tinggi Terbaik di Provinsi Kalimantan Utara (2024/2025)
| No. | Nama Perguruan Tinggi (PT) | Link Website Resmi | Lembaga Pemeringkatan Utama |
| 1 | Universitas Borneo Tarakan (UBT) | https://www.borneo.ac.id/ | Webometrics (Terbaik di Kaltara) & UniRank (Peringkat 1 di Kaltara) |
| 2 | Politeknik Negeri Nunukan (PNN) | https://politeknik-nunukan.ac.id/ | Webometrics & UniRank (Terbaik di kategori Politeknik) |
| 3 | Universitas Kaltara (UK) | https://unikaltara.ac.id/ | UniRank & Webometrics |
| 4 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Bulungan Tarakan | https://stiebulungan.ac.id/ | UniRank |
| 5 | Universitas Kaltara (UK) | https://unikaltara.ac.id/ | UniRank |
Catatan Penting Mengenai Pemeringkatan:
- Universitas Borneo Tarakan (UBT) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) satu-satunya dan terbesar di provinsi ini, dan secara konsisten menduduki peringkat teratas di Kaltara.
- Politeknik Negeri Nunukan (PNN) menjadi institusi vokasi negeri terdepan di provinsi ini.
- UniRank dan Webometrics mencatat UBT dan PNN sebagai dua institusi pendidikan tinggi terbaik yang paling aktif dan populer secara digital di Kaltara.
- Webometrics fokus pada publikasi dan visibilitas web, sedangkan UniRank fokus pada popularitas web dan akreditasi yang terdaftar.